Kätkävaaran alue on muinoin ollut merenpohjaa. Kätkävaarassa olevat kivilohkareet ovat alun perin olleet hiekkaa, joka kerrostui matalan meren rantaveteen yli kaksituhatta miljoonaa vuotta sitten. Veden virtailut muodostivat hiekkaan kiemurtelevia kohoumia – aallonmerkkejä. Hiekkakerroksia kertyi vähitellen satojen metrien vahvuudelta.
Maan kuoressa hiekka kovettui vähitellen kiveksi – kvartsiitiksi. Myöhemmin päällä olevat kerrokset rapautuivat pois, ja kalliosta irtosi lohkareita. Kivi on itseasiassa materiaali, joka pyrkii sopeutumaan sen ympärillä vallitseviin olosuhteisiin. Kivessä tapahtuviin muutoksiin vaikuttavat lämpötila, paine, mekaaninen puristus, venytys tai hierto sekä fluidien läsnäolo. Esimerkiksi hiekkakiven uudelleen kiteytyessä kvartsihiekkarakeet kasvavat suuremmiksi kvartsikiteiksi kietoutuen tiiviisti toistensa ympärille.